L'agence assiste les centres en diffusant des guides de bonnes pratiques qui s'imposent à eux. Cet instrument permettra de compléter les règles, une fois la loi de bioéthique adoptée.
Par ailleurs, un registre rempli par les centres d'assistance médicale à la procréation donne à l'agence une vision d'ensemble de leur activité. Dans le texte issu de l'Assemblée nationale, il est prévu qu'un rapport soit remis au Parlement un an après l'adoption de la loi sur la structuration des centres, rapport qui pourra donner lieu à un débat : le Parlement pourra se saisir de la question à ce moment.