Le contenu et l'organisation du fonds d'indemnisation des victimes de maladies liées aux pesticides ne sont pas encore totalement arrêtés. Des principes sont néanmoins posés : les procédures et réglementations respectives du régime général et du régime agricole seront respectées ; la situation aux Antilles, avec le risque d'exposition du chlordécone, est bien incluse dans la trajectoire prévue pour ce fonds ; les tableaux de maladies professionnelles du régime général vont devoir évoluer.
Il est souvent délicat de distinguer ce qui relève du milieu professionnel de ce qui relève de la vie personnelle, tout particulièrement s'agissant des troubles musculo-squelettiques et des risques psychosociaux. C'est pourquoi il existe une procédure de reconnaissance qui fait intervenir un comité d'experts en pathologie professionnelle chargé de mettre en évidence, de manière scientifique, le lien direct et essentiel entre la pathologie de l'assuré avec l'environnement de travail.