La question de l'autosuffisance alimentaire est relative. Le secteur de l'élevage par exemple est massivement dépendant des importations d'aliments pour animaux. Pour ce qui est des produits bio, le recours important aux importations est lié aux difficultés rencontrées pour mettre en place cette filière, comme la construction de silos dédiés au bio ou de structures d'abattage dans des zones qui n'en comptaient pas. La mise en place des circuits courts rencontre les mêmes difficultés. Si on souhaite re-territorialiser les systèmes alimentaires, il faudra développer localement les infrastructures nécessaires.
Le développement de la bioéconomie pose le problème de l'articulation entre utilisation alimentaire et non alimentaire des productions agricoles - ce qui renvoie à la question de l'usage des terres. Développer la bioéconomie n'a de sens que si la production agricole a avant tout une finalité alimentaire, les usages non alimentaires étant réservés aux coproduits ou aux déchets. On doit avoir une priorisation très claire des usages des terres.