Avec la loi LRU, le conseil d'administration (CA) s'est imposé comme le seul organe délibératif chargé d'élaborer la stratégie et la politique de l'établissement. Le conseil scientifique (CS) et le conseil des études et de la vie universitaire (CEVU) ont été cantonnés à un rôle consultatif en amont.
Les séances du CA sont, en règle générale, précédées de travaux des services centraux de l'université en coopération avec l'équipe du président de l'université, en particulier les services financiers et comptables et les services des ressources humaines. Les organisations syndicales et étudiantes ont craint que le CA ne constitue qu'une chambre d'enregistrement. Aussi, certaines universités ont mis sur pied des instances de concertation, soit prévues par les statuts, soit en dehors de tout cadre réglementaire : tantôt des comités d'orientation stratégique ont été constitués, réunissant des personnalités qualifiées de la communauté scientifique, pédagogique ou du monde de l'entreprise, tantôt le conseil scientifique et le CEVU ont été renforcés.
Les réunions fleuves de CA consacrées à des dossiers très techniques, perçus comme très peu stratégiques ou parfois exclusivement catégoriels, suscitent un manque d'assiduité.
Les personnalités extérieures ne participent pas à l'élection du président, droit réservé aux seuls membres élus du conseil d'administration. Mais le débat reste ouvert. Les présidents d'université ne souhaitent pas être dépossédés de leur possibilité de recruter eux-mêmes les personnalités extérieures après validation du CA, car ils peuvent ainsi les sensibiliser au projet stratégique de l'établissement et les responsabiliser. Les organisations étudiantes, quant à elles, redoutent que ces personnalités participent à l'élection du président, ce qui amoindrirait leur poids relatif. D'autres enfin soulignent qu'il est anormal d'écarter les personnalités extérieures à cette occasion. Il faudrait alors les désigner autrement : par les organismes de recherche ou les conseils économiques, sociaux et environnementaux régionaux par exemple, ce qui ne garantirait toutefois pas nécessairement leur responsabilisation sur les enjeux stratégiques de l'université.
Néanmoins, l'assiduité des personnalités extérieures tient moins à leur mode de désignation qu'au contenu de l'ordre du jour et à la durée envisagée des délibérations du conseil. Lorsque des débats stratégiques ont été clairement identifiés, sur la base de documents préparatoires pertinents, les personnalités extérieures se sentent concernées.
S'agissant des rapports entre le conseil d'administration et les composantes, l'autonomie n'a pas provoqué de défiance persistante, hormis quelques exceptions. Les présidents d'université restent attachés à la culture du débat et à la recherche du consensus. La stratégie de l'établissement est, en règle générale, élaborée en amont, en associant les directeurs de composante, et les décisions, parfois douloureuses, sont partagées, grâce à un travail d'explication et de responsabilisation approfondi.
En ce qui concerne le contrat d'établissement quinquennal, il apparaît de plus en plus comme un instrument stratégique, permettant aux établissements de définir leur trajectoire à moyen terme. Toutefois, les conséquences financières qui pourraient résulter de l'évaluation de son exécution restent faibles. En outre, il convient d'assurer une cohérence entre ce contrat, élaboré bien souvent selon un mode vertical entre l'université et sa tutelle, et les conventions, horizontales et transversales que l'université conclut avec les autres acteurs du site : organismes de recherche, collectivités territoriales, autres établissements d'enseignement supérieur et pôles de compétitivité.
Les pôles de recherche et d'enseignement supérieur (PRES) demeurent encore trop peu structurants, seules quelques fonctions support, notamment en communication ou en montage de projets, ayant parfois été mises en commun. Les PRES qui ont réussi bénéficient de véritables délégations de compétences stratégiques de leurs entités constitutives, conduisant, en général, à la fusion des universités concernées, comme à Strasbourg ou à Aix-Marseille.