J'en viens à l'évaluation. Les équipes dirigeantes des universités insistent sur la nécessité d'une évaluation externe et indépendante, considérée comme un levier d'amélioration du projet stratégique de l'établissement, et non comme une sanction. La notation est ressentie comme pénalisante aussi bien pour les équipes de recherche que pour les formations. L'AERES (Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur), créée en 2006, a tenu compte des critiques et fait preuve de souplesse. Les universités ne souhaitent pas revenir à l'état antérieur d'une évaluation interne déconnectée d'un cadre national régulé.
Le décret statutaire des enseignants-chercheurs de 1984 a été modifié en 2009, pour instituer une procédure d'évaluation périodique individuelle. À l'heure actuelle, l'évaluation individuelle des enseignants-chercheurs est réalisée soit au niveau national par le Conseil national des universités (CNU), soit au niveau local par l'établissement. Les évaluations du CNU ne donnent pas lieu à un retour personnalisé systématique vers le candidat, et ne formulent pas de recommandations sur l'amélioration de la qualité de la candidature. Sujettes à caution et sources de frustration excessivement focalisées sur la recherche, elles servent rarement de levier de progression.
Il est capital de mieux valoriser les carrières des enseignants du second degré, qui dépendent du rectorat et se trouvent pénalisées s'ils font le choix d'intégrer l'enseignement supérieur : ils seront de plus en plus sollicités, en effet, pour assurer des enseignements transversaux et garantir la continuité du lien avec l'enseignement secondaire au sein d'équipes pédagogiques mixtes, comme le recommandent plusieurs rapports consécutifs aux assises.