L'affaire Lactalis est une excellente illustration de la qualité de la surveillance sanitaire territoriale. En effet, plusieurs cas de salmonelle ayant été identifiés chez des nourrissons sur l'ensemble du territoire, les médecins généralistes ont lancé un signalement et transmis les coprocultures aux laboratoires d'analyses ; puis le Centre national de référence sur les salmonelles (CNR) de l'Institut Pasteur a identifié une souche commune et informé Santé publique France, dont l'enquête épidémiologique est remontée jusqu'à l'usine Lactalis de Craon. Il a ainsi suffi de quelques cas pour mettre au jour une source de contamination potentiellement très importante. En l'espèce, la toxicité du produit était probablement très faible, ce qui explique le nombre limité de cas symptomatiques dans la population.
L'enquête épidémiologique a associé Santé publique France, la DGAL, qui a évalué la qualité du lait produit dans l'usine, et la DGCCRF qui, via ses services vétérinaires, a effectué les prélèvements bactériologiques. L'Anses n'y a pas été directement associée, mais ses laboratoires ont contribué à repérer, dans les échantillons prélevés dans l'usine, la présence de la salmonelle.
Ce cas illustre bien la collaboration entre les différentes directions ministérielles. La tutelle partagée par cinq directions pour l'Anses est, à cet égard, fonctionnelle. La collaboration régulière entre les différents organismes chargés de la veille sanitaire se matérialise également dans la réunion de sécurité sanitaire qui se tient chaque mercredi à la DGS pour coordonner la réponse sur les alertes sanitaires hebdomadaires, et le comité d'animation du système d'agences, qui réunit les agences sanitaires et directions d'administrations qui en ont la tutelle.
Il est vrai que le chevauchement ou overlap entre la DGAL et la DGCCRF mériterait d'être évalué ; c'est à l'agenda depuis longtemps. Un rôle d'arbitre renforcé pourrait également être confié à la DGS, pour, par exemple, décider seule de l'arrêt d'une usine entière. La DGS aurait, dans ce cadre, des pouvoirs quasi régaliens. Pour revenir à l'affaire Lactalis, la DGS avait les compétences nécessaires pour arrêter la ligne de production, mais il a fallu attendre la décision de la DGCCRF pour fermer l'usine.
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L'utilisation des médicaments vétérinaires pour une population humaine, notamment les curares, devenus difficiles à trouver pendant la crise sanitaire, relève de l'Agence du médicament.