Les indicateurs de l'évaluation suscitent également un certain nombre de questions. En effet, selon les territoires, les élus peuvent poursuivre des objectifs différents à travers les politiques publiques qu'ils mènent. Dans ces conditions, ces indicateurs ne peuvent pas être les mêmes partout, mais doivent tenir compte des choix et des stratégies de politiques territoriales portés par ceux qui bénéficient de la légitimité du suffrage universel.
Il convient par conséquent de prendre garde à des évaluations qui arriveraient « d'en haut » et s'appuieraient sur des indicateurs qui ne correspondent pas aux priorités locales fixées par les élus.