Concernant les menaces militaires, nous pouvons évidemment évoquer l'insurrection islamique actuelle au Mozambique, menée par le groupe Al-Shabab (lié à l'État islamique) dans la province de Cabo Delgado, qui pourrait devenir un facteur de déstabilisation pour les collectivités françaises de la zone. Je pense évidemment davantage à Mayotte qu'aux îles Éparses avec, peut-être, des flux migratoires importants.
Par ailleurs, concernant les ressources halieutiques, un facteur à ne pas négliger est le phénomène des chinese militia - auxiliaires civils des forces de police chinoises ou de l'Armée populaire de libération -, qui sévissent en mer de Chine mais également à travers toutes les mers du monde. Récemment, elles ont été retrouvées dans l'espace maritime des Galapagos. Ces chinese militia sont souvent constituées d'anciens bateaux de la garde côtière chinoise ou de la marine nationale chinoise, reconvertis en bateaux de pêche pour défendre les intérêts nationaux en mer de Chine mais aussi sur d'autres bassins. Notons que la Chine est à la fois la première productrice et la première consommatrice de ressources halieutiques. La mer reste un espace de projection important pour le gouvernement chinois, avec une marge de croissance immense.
Si, dans son ensemble, la ZEE française est plutôt bien protégée, quelques faits divers survenus en Polynésie française peuvent interpeller, comme les échouements de plusieurs bateaux chinois sur des récifs des îles Tuamotu. Les cales de ces bateaux contenaient plusieurs espèces protégées. Certains pêcheurs polynésiens accusent les bateaux chinois d'utiliser les dispositifs de concentration de poissons flottants, largués à proximité de la ZEE française. Cette problématique pourrait concerner les TAAF à l'avenir.
Lors d'une audition à l'Assemblée nationale en 2017, Patrick Boissier, président du Groupement des industries de construction et activités navales (Gican), avait rappelé « que le nombre de patrouilleurs destinés à la protection de la ZEE française est équivalent à deux voitures de police pour surveiller le territoire métropolitain ».