En matière d'aide fiscale, deux outils existent : le crédit d'impôt, qui s'applique dans les DROM, et la défiscalisation, qui s'applique dans les collectivités d'outre-mer (COM), lesquelles relèvent d'un autre article constitutionnel que les DROM. Dans les COM, la LBU n'intervient pas : la proposition de la Cour des comptes est donc inapplicable.
La principale critique concerne le pilotage des programmes, c'est-à-dire le fait de pouvoir guider les promoteurs pour mieux localiser les constructeurs. Dans le cas du crédit d'impôt, la localisation est forcément guidée, car ce sont les représentants de l'État dans les territoires qui donnent l'agrément. Il existe donc un pilotage du logement social. En revanche, la question se pose pour le logement intermédiaire, qui lui aussi bénéficie de la défiscalisation dans les DROM. Budgétiser les dépenses fiscales pour le logement intermédiaire serait une décision difficile à prendre, qui reviendrait à subventionner une catégorie de logements qui n'est pas considérée comme du logement social. La proposition de la Cour des comptes présente un libellé séduisant, mais sa traduction concrète est difficile.