Tout le monde est mis à contribution dans cette partie de tri et de gestion des déchets. Il y a un personnel particulier, le responsable des approvisionnements, qui organise l'évacuation des déchets, puisqu'il faut être en parfaite coordination entre les districts, les bases, tenir compte des niveaux de stockage admissibles, puisque certains déchets ne peuvent être évacués systématiquement, et puis, de leur éventuelle récupération au port d'arrivée, y compris lorsque des déchets dangereux doivent ensuite partir vers la métropole, ou éventuellement en métropole vers l'Afrique du Sud, ou vers l'Inde pour certains déchets.
L'organisation mise en place est complexe, à l'image de toute la logistique des TAAF, puisqu'elle repose sur le passage régulier de navires, en moyenne tous les 3 mois mais cela peut être beaucoup plus long, environ 5 mois en période d'hivernage.