La compétence exclusive et obligatoire relative à la gestion des milieux aquatiques et à la prévention des inondations (GEMAPI) pose des problèmes à de nombreuses collectivités, malgré les ajustements de la loi relative à la différenciation, à la décentralisation et portant diverses mesures de simplification de l'action publique locale (3DS). Les collectivités dotées de cette compétence peinent à s'en saisir, notamment au niveau des cours d'eau majeurs. De plus, les agences de l'eau ont du mal à accompagner les projets qui se rapportent à la GEMAPI. Elles financent des études, mais peinent à financer plus de 30 ou 40 % des investissements nécessaires pour aménager des digues. Cette difficulté se fait d'autant plus sentir lorsqu'il s'agit de réaliser des aménagements sur des cours d'eau majeurs.