Marc Bouchery le disait à l'instant : le Conseil national de la protection de la nature a émis un avis favorable le 5 juillet 2012. Un protocole sur la réalisation des mesures compensatoires a été conclu le 23 décembre 2013 entre l'État, AGO, porteur du projet, et la chambre d'agriculture.
La chambre avait elle-même conclu, dès 2008, un protocole avec la profession, permettant d'accompagner la relocalisation des exploitants ; sur 40 exploitations concernées, plus de 30, soit environ 80 % d'entre eux, ont accepté une relocalisation ou une éviction à l'amiable. La profession agricole a en outre été directement associée à la mise en place d'un périmètre de protection des espaces agricoles et naturels périurbains (PEAN), de 17 000 hectares, situé entre l'agglomération nantaise et le site même de l'aéroport, représentant 3 fois la surface de la ville de Nantes et 100 fois la surface artificialisée de l'aéroport.