La comptabilité des GMS est parfois établie de manière à assurer la meilleure rémunération possible des actionnaires. C'est une préoccupation légitime des centrales d'achat mais qui ne doit pas avoir d'impact sur les calculs de marges des rayons. Le modèle de l'observatoire est également altéré par l'intervention de sociétés intermédiaires entre les industriels et distributeurs. En tout état de cause, il faut perfectionner les instruments de mesure de l'observatoire des prix et des marges concernant la grande distribution.