La compensation des atteintes à la biodiversité concerne toutes les modifications de l'environnement, sur le plan écologique comme humain. Elle doit être définie sur la base d'une analyse exhaustive des mutations provoquées par un projet d'aménagement. Toute opération d'urbanisme en milieu rural crée des obligations pour les agriculteurs : restriction de l'usage des produits phytosanitaires, réduction des bruits, des odeurs, etc. Cela accroît leurs charges financières. Les agriculteurs doivent être associés à la procédure de détermination des préjudices et participer aux audits initiaux. Ces analyses doivent être réalisées dès l'étape de faisabilité, avant l'établissement des plans de financement, afin que leur coût financier soit bien inclus dans le calcul de rentabilité. On s'aperçoit trop souvent, après coup, que les crédits manquent pour les opérations de compensation. Les nuisances des projets pour le monde agricole sont sous-estimées par les services de l'Etat. Les indemnisations en cas d'expropriation sont trop faibles au regard de la dégradation irréversible de l'outil de travail. Les conséquences pour les pratiques agricoles doivent aussi être analysées à long terme. Les charges de production augmentent à cause de la création de zones non traitées, de la modification des horaires de travail ou de circulation de véhicules. Là encore, les agriculteurs sont pénalisés.
On constate aussi que plusieurs équipements ont provoqué un développement des plantes indésirables comme les renouées du Japon, les berces ou les chardons. Les sols sont vivants et captent le carbone. Le compte n'y est pas quand on transforme une terre agricole en route et que l'on compense avec une terre inculte ou polluée : la surface est identique mais le comportement du sol sera très différent. Je m'alarme aussi quand on remplace une terre capable de capter du carbone par des sols imperméables où l'eau ruissellera, entrainant des pollutions. L'agriculteur rend service à la collectivité grâce à l'activité biologique de ses sols. Ne l'oublions pas.