La fragmentation se gère essentiellement par des mesures de réduction adaptées à l'ouvrage. Certaines clôtures participent de ce phénomène mais permettent également de maintenir des continuités écologiques. Il existe peu d'actions de compensation quant à cet impact. L'infrastructure ne doit pas être considérée individuellement à un instant donné, mais au sein d'un système et sur le long terme car cet écosystème génère également des effets divers qui sont indissociables de celui propre à l'emprise. C'est l'ensemble qui doit être apprécié.