Il y a sans conteste plus d'inconvénients que d'avantages aux implantations les plus reculées : outre la question du recrutement, se posent les problèmes liés aux transports, à l'accès aux formations et au maintien du lien avec les familles.
Rappelons que les CEF ne sont pas un dispositif d'éloignement, ce que d'autres dispositifs favorisent à l'instar des centres éducatifs renforcés (CER), qui ont été quelque peu délaissés en faveur des CEF. Après une première phase de coupure avec son milieu, le séjour en CEF a pour finalité le retour et la réinsertion du mineur dans son environnement d'origine. C'est une tâche impossible à plus de deux cents kilomètres du quartier et du lycée dans lequel il est supposé revenir après un séjour de six mois.