Il était également important d'élargir la catégorie des régions intermédiaires car toutes les régions fusionnées sont dans cette situation. Ainsi, en Nouvelle-Aquitaine, il existe des différences de richesse par habitant entre l'ancienne région Limousin et l'ancienne région Aquitaine. Au final, le fait de conserver les trois programmes opérationnels a permis aux fonds européens d'être au plus proche des territoires.