Il y a plusieurs niveaux de garantie.
La première, et la plus importante, est la garantie de recouvrement des sommes facturées, qui doit en principe être mise en place deux mois avant la mise en service. Il a été considéré que cette garantie devait être établie avant même le début de l'enregistrement des redevables, c'est-à-dire en juillet 2013. Cette garantie se monte à 100 millions d'euros, soit un mois d'encours de la taxe. Du fait de la suspension, l'État a accepté qu'Écomouv' lève cette garantie, pour réduire les frais financiers. Cette garantie a aujourd'hui disparu.
Vient ensuite la garantie pour l'application des pénalités de retard, soit environ 48 millions d'euros. Cette garantie a été mise en place dans les temps par Écomouv' et subsiste encore aujourd'hui.
Enfin, existent d'autres garanties, dont les garanties de parfait achèvement, qui servent en cas de besoin pour corriger des défauts. Toutes ces garanties ont été mises en place par Écomouv'. Elles ne sont pas levées car tout ce qui concerne l'achèvement du dispositif n'est pas réglé.