La maintenance est réalisée par Thales - et pour partie, celle qui consiste à procéder sur site à des échanges d'équipements en cas de défaillance, ou à l'entretien périodique, par la SNCF ou d'autres sous-traitants. Le second niveau de contrôle est constitué d'outils de contrôle manuels. Il s'agit d'abord de lecteurs portables qui permettent aux corps de contrôle d'interroger les données qui figurent dans l'équipement embarqué. Ces outils sont exploités par les corps de contrôle, douanes, police, gendarmerie.
Il y a aussi des lecteurs mobiles, embarqués dans les véhicules de la douane et qui peuvent faire des contrôles dans le trafic, en circulation. Écomouv' n'exploite pas ces contrôles.
Le troisième niveau est celui de la supervision. Un outil de supervision technique vérifie que l'ensemble du dispositif fonctionne normalement ; il remonte l'information en cas de panne, de manière à ce que les équipes de TCS puissent réaliser un télédiagnostic, préalable à une éventuelle intervention sur site par des agents de SNCF-infra. Enfin, lorsqu'une anomalie est constatée au passage d'un véhicule, l'ensemble des informations collectées sur ce véhicule (plaque d'immatriculation, photo de contexte, classification du véhicule, données figurant à bord de l'équipement embarqué) sont envoyées au centre de traitement des anomalies. Au sein du centre, des opérateurs agréés par la préfecture décident si les anomalies révèlent ou non un manquement susceptible de justifier une sanction. La mission de contrôle d'Écomouv' s'achève à l'émission du rapport de manquement, qui est envoyé aux douanes, lesquelles sont en charge d'infliger les amendes et de les recouvrer.