Le manque de reconnaissance des enjeux de sécurité sanitaire a pendant longtemps été un gros problème au ministère de l'agriculture. En 1998 puis 2002, suite à la crise de la vache folle, les réformes adoptées ont enfin été à la hauteur des enjeux et ont entendu réellement réformer le dispositif de sécurité sanitaire, avec notamment la création de l'Agence sanitaire de l'évaluation, devenue depuis l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES). Ces réformes avaient été adoptées suite au remarquable rapport Leyzour-Chevallier de mars 2000 sur la transparence et la sécurité sanitaire de la filière alimentaire en France. Ce rapport très fouillé et pertinent est pour l'essentiel toujours d'actualité. Mais depuis 2010, la révision générale des politiques publiques (RGPP) telle qu'elle a été conduite n'a pas retenu les modalités administratives les plus efficientes. Les DDPP, qui regroupent aussi les directions départementales de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes ne fonctionnent pas. Au niveau national, les champs de compétence entre la direction générale de l'alimentation (DGAL) et la direction générale de la concurrence, de la consommation et de la répression des fraudes (DGCCRF) n'ont jamais été clarifiés. Au niveau régional, il existe deux structures totalement distinctes, sans aucun outil commun de travail, sans compétences clairement délimitées : le dispositif ne peut pas fonctionner. Pour toutes ces raisons, la question de l'organisation de l'inspection et du contrôle sanitaire se pose avec beaucoup d'acuité en ce moment.