La possibilité de percevoir des taxes et des redevances pour financer les contrôles sanitaires est aussi un point capital. Que l'impôt finance les contrôles officiels, c'est normal. Lorsque des établissements sont visités cinq fois parce qu'ils ne respectent pas les règles du jeu, est-ce vraiment aux contribuables de payer ? Une réglementation européenne impose précisément de financer les contrôles officiels par des taxes et des redevances. Cette réglementation n'est absolument pas appliquée car la France a adopté des seuils inférieurs aux minima communautaires. La seule réorganisation qui permettrait de donner un peu d'air aux services de contrôle serait d'affecter ces taxes et redevances directement aux tâches de contrôle officiel.
Le Conseil général de l'alimentation, de l'agriculture et des espaces ruraux (CGAAER) a proposé la création d'un établissement public qui intégrerait les laboratoires départementaux. Malheureusement il semblerait que l'on s'oriente, à la demande d l'Assemblée des départements de France (ADF) vers un transfert du contrôle sanitaire aux départements, notamment pour la remise directe et la restauration collective. Nous estimons que cette solution sera beaucoup moins efficiente car elle conduira à ce que nous devions faire face à des dizaines d'autorités compétentes. D'autant plus qu'il n'y a plus de moyens matériels et humains à transférer.