Dans le cas des pathologies chroniques, le déconditionnement est inutile, car le patient doit prendre son traitement à vie. La question du déconditionnement se pose pour les pathologies aiguës, pour les antibiotiques. Mais le déconditionnement n'aurait pas été une solution aux dernières pénuries que l'on a connues. Il est ainsi difficile de déconditionner l'amoxicilline pour les enfants, car elle est en sirop.
Les pharmacies à usage intérieur des hôpitaux possèdent les structures permettant de reconditionner les médicaments en doses individuelles en toute sécurité, mais les officines de ville ne sont pas équipées de robots permettant de le faire.