La protection fonctionnelle joue son rôle quand un agent public est poursuivi pour des faits qui ne relèvent pas d'une faute personnelle.
Mais, par définition, quand une action pénale est engagée contre un agent, c'est une condamnation personnelle qui est recherchée. La protection fonctionnelle ne met pas le décideur public à l'abri de poursuites, d'enquêtes et de procès qui sont en effet difficiles à supporter.