Au sens propre du terme, l'open data recouvre des données plutôt agrégées, tandis que des études approfondies de santé publique supposent l'accès à des données indirectement réidentifiantes. Ce deuxième type d'utilisation nécessite donc une professionnalisation des acteurs, une clarification des finalités au titre desquelles l'accès peut être accordé, un encadrement législatif, y compris pénal, et déontologique précis, une forte sécurité des systèmes d'information. Il est par ailleurs indispensable de réfléchir aux moyens d'assurer le contrôle d'une telle utilisation : les moyens de la Cnil ne sont pas infinis.