Certains méthaniseurs rencontrent des problèmes de qualité de gaz dus essentiellement au soufre. Pour limiter la teneur en soufre, il convient d'éviter d'introduire dans le méthaniseur de la moutarde et du colza. De son côté, l'industrie agroalimentaire broie des déchets alimentaires avec du plastique et du polystyrène, parce qu'elle n'a pas le courage d'enlever les emballages de ses produits. Or le plastique et le polystyrène dégagent du soufre dans les méthaniseurs. Enfin, il n'y a pas de traçabilité des boues, qui contiennent souvent de l'hydrogène sulfuré. Quand la norme de teneur en soufre de 0,005 % est dépassée, GRDF oblige à brûler le gaz en torchère. Les méthaniseurs sont équipés de filtres onéreux - d'une valeur de 7 000 euros - pour retenir le soufre, mais s'ils sont alimentés avec des boues de stations d'épuration ou des déchets agroalimentaires, ces filtres doivent être changés tous les 3, 4 ou 5 jours. Si l'on n'est pas capable de l'obtenir, une disposition législative devrait imposer de connaître la nature de tous les produits introduits dans les méthaniseurs, afin de maîtriser cette teneur en soufre.