Puisque la Confédération paysanne est porteuse d'un idéal d'agriculture paysanne, à nos yeux, un méthaniseur compatible avec cette idée doit être mûrement réfléchi. Nous avons ainsi travaillé, avec un groupe d'agriculteurs et l'école d'agriculture de Toulouse, sur la possibilité de construire des microméthaniseurs, c'est-à-dire des méthaniseurs d'une puissance de 10 kilowatts. Ils pourraient répondre à une demande existant dans certaines fermes, par exemple celles ayant un élevage, une petite production de polycultures ou fabriquant du fromage. Le méthane pourrait être utilisé pour la fromagerie, pour chauffer une serre ou pour faire du séchage de luzerne. Dans ces conditions, le méthaniseur peut faire partie intégrante de la ferme paysanne.
Quelques agriculteurs d'une même zone d'exploitation, quatre, cinq ou six par exemple, peuvent également se regrouper. Au-delà, la taille du méthaniseur nécessaire à l'absorption de tous les intrants sera si importante qu'elle nécessitera une structure de pilotage dédiée, faisant appel à des services extérieurs. En effet, la nouvelle réglementation impose une surveillance continue, 24 heures sur 24, des installations. Il y a quelques années, l'association des méthaniseurs de France s'était émue que ses membres soient conduits à faire de nombreuses heures supplémentaires ou à embaucher plus de personnel que prévu, ce qui pesait sur la rentabilité des installations.
Il est essentiel que le projet soit réfléchi, pour éviter des faillites d'agriculteurs. En 2015, la Confédération paysanne a étudié les bilans financiers d'une trentaine de méthaniseurs en cogénération et une vingtaine étaient à la limite du dépôt de bilan. La méthanisation agricole doit donc être limitée en taille.