Cependant la virulence du virus (H1N1) reste difficile à évaluer, notamment en raison de la définition de la notion de mortalité due à la grippe. M. Antoine Flahault a insisté à cet égard sur la notion de mortalité indirecte, c'est-à-dire les excès de mortalité statistiquement observés après une épidémie de grippe. Il y a en France annuellement environ 6 000 décès causés par la grippe saisonnière. Il ne s'agit pas de décès médicalement attribués à la grippe - seuls 600 certificats environ de décès mentionnent la grippe comme cause du décès - mais d'un excès de mortalité constaté statistiquement. Cette « surmortalité » corrélée à la grippe saisonnière et dont l'importance est fonction de sa gravité, est constatée dans tous les pays du monde. Au mois de septembre 2009, il n'existait aucune raison de penser que cette mortalité indirecte ne serait pas observée dans le cas de la grippe A(H1N1), et avec un taux comparable. Cette mortalité en excès liée à la grippe s'est finalement révélée moindre, ce qui peut s'expliquer par le fait que les personnes âgées bénéficiaient d'une immunité naturelle contre le virus A(H1N1), qui, en revanche, a frappé de façon plus importante des personnes jeunes. Or la mortalité indirecte de la grippe saisonnière est principalement due aux décès de personnes très âgées qui, lorsqu'elles sont atteintes par le virus grippal, décompensent une maladie grave préexistante (cardiaque, respiratoire...) à laquelle est imputé leur décès.
Néanmoins, si la mortalité indirecte a été moindre en valeur absolue dans le cas du virus A(H1N1), une récente étude américaine tend à démontrer qu'en termes « d'années de vie perdues », l'impact de la grippe A(H1N1) a été quasiment équivalent à celui des pandémies de grippe de 1957 et 1968. Ceci s'explique par le fait que la grippe A(H1N1) a touché davantage de personnes jeunes que de personnes âgées, contrairement à ce qui est habituellement constaté dans le cadre de la grippe saisonnière. La grippe A(H1N1) constitue donc bien une « pandémie des temps modernes », dont l'impact sanitaire a été assez proche, en termes d'années de vies perdues, de celle de 1968.
Son impact économique a aussi été important : il est évalué entre 0,4 et 0,7 point du produit intérieur brut du Mexique, premier pays frappé.
a ensuite relevé que deux autres éléments démontrent qu'il y a eu une « signature de pandémie » et que l'on n'a pas eu affaire à une souche virale « ordinaire » :
- la disparition des virus saisonniers (H3N2 et H1N1 saisonnier) : or, après chaque pandémie, il est constaté que le virus pandémique fait disparaître la circulation des virus saisonniers ;
- enfin, tous les pays ont été touchés, avec des impacts différents en termes de mortalité.
En conclusion de son exposé, M. Antoine Flahault a relativisé les conséquences de l'arrivée tardive des vaccins contre le virus A(H1N1) qui ont néanmoins pu être utilisés avec plus ou moins de succès, sauf dans des cas comme celui de l'Australie, cité par la revue Nature, où le vaccin est arrivé à la fin de l'épisode pandémique.