a indiqué que les inspecteurs de l'IGAS avaient examiné plus particulièrement les fonctions qu'exercent les médecins dans le cadre de la recherche clinique, notamment celles des médecins investigateurs qui dirigent, suivent et contrôlent les essais cliniques, tout en étant chargés des relations avec les patients.
Les conventions de droit privé entre les laboratoires et les médecins investigateurs précisent la rémunération de ces derniers, calculée à partir d'une somme fixe pour chacun des patients inclus dans l'essai clinique. Cette convention doit être communiquée au conseil départemental du lieu d'exercice du praticien, ou au conseil national si l'essai associe des investigateurs relevant de différents centres. Elle doit aussi être communiquée aux directeurs d'établissement, mais cette disposition semble inégalement respectée : l'exemple des hospices civils de Lyon a fait apparaître que seulement 10 % des conventions concernées étaient adressées à la direction de l'hôpital.
Les conventions prévoient des rémunérations de l'ordre de 1 500 à 2 500 euros par patient inclus dans l'essai clinique, qui peuvent atteindre 5 000 euros par patient dans les secteurs de la cardiologie et de la réanimation. Il s'agit donc de revenus conséquents pour les professionnels.
La rémunération du médecin investigateur est personnelle et elle peut donc lui être versée directement, sans transiter par la direction de l'hôpital. Elle peut aussi être versée, en totalité ou en partie, sur le compte d'associations de la loi de 1901 constituées pour améliorer le fonctionnement des services où exercent les médecins investigateurs.
Une très forte opacité entoure tant le partage entre la part versée au médecin et celle qui revient à l'association, que l'emploi des fonds par les associations.
Ces associations loi 1901 sont soumises au contrôle de commissaires aux comptes et à celui de l'administration fiscale. Mais assez peu d'informations sont disponibles sur leur utilisation des fonds, d'autant plus qu'elles sont nombreuses et spécialisées sur un service, des praticiens ou certains essais cliniques. Par exemple, au Centre Hospitalier Universitaire (CHU) de Nice, pour 500 protocoles de recherche, 128 associations étaient domiciliées dans ce CHU, parmi lesquelles 70 avaient explicitement pour objet le financement de la recherche.
Un rapport plus ancien de l'IGAS, mais malheureusement toujours d'actualité, avait constaté que ces associations peuvent permettre de couvrir des dépenses jugées difficiles à financer dans le cadre de la gestion classique de l'hôpital. En fait, ce rapport avait montré que l'opacité du fonctionnement de ces associations peut donner lieu à des dérives, dans l'utilisation que font certains praticiens de ce support associatif pour des dépenses personnelles de quasi-rémunération.
Il avait également souligné que le système de rémunération du médecin investigateur comportait également le risque de défavoriser l'établissement qui accueille le médecin investigateur. Une convention hospitalière passée entre le laboratoire et l'établissement doit normalement compenser les surcoûts générés pour cet établissement par l'essai clinique, par exemple les soins supplémentaires, la logistique mise en oeuvre, le suivi des patients. Mais ce système organise un conflit d'intérêts entre la rémunération du médecin investigateur et le financement des surcoûts de l'établissement. Dans la pratique, la répartition des fonds versés par le laboratoire est décidée au cas par cas, avec de fait une forte influence du médecin investigateur.