Sur ce dernier point, M. Christophe Lannelongue a indiqué que, chaque fois que la mission avait interrogé des directeurs d'hôpitaux, ces derniers avaient été surpris par le nombre d'associations et leurs activités, dont ils ne peuvent connaître que les aspects financiers. Par ailleurs, certaines associations sont « délocalisées » et domiciliées hors de l'hôpital, échappant alors au contrôle des directeurs.
Il a regretté l'absence de données comparatives. Des travaux de l'OCDE sur les rémunérations des médecins par spécialités ont été publiés dans le rapport, mais ils ne permettent pas de distinguer les revenus liés aux activités de recherche. C'est d'autant plus dommageable que l'on a toutes les raisons de penser que ces activités de recherche sont correctement rémunérées dans les pays directement en compétition avec la France. En effet, une forte pression est exercée sur les centres de recherche français pour débaucher des praticiens, notamment à l'AP-HP, comme l'a montré le cas d'un praticien de l'hôpital Henri Mondor à qui le Royal College de Londres a fait des propositions très avantageuses.
En ce qui concerne les équipes INSERM, la participation des médecins universitaires à ces équipes n'entraîne pas de supplément de rémunération. Il est considéré que ce temps de recherche s'inscrit dans le statut hospitalo-universitaire, bien que celui-ci ne constitue pas un vrai cadre d'emploi pour le développement des activités de recherche. De fait, il ne permet pas de rémunérer l'activité de jeunes chercheurs, ni d'isoler la recherche d'autres activités, par exemple d'enseignement ou de gestion.
A propos du fichier national, il a estimé effectivement important d'inclure les publications de référence. Par ailleurs, il n'a pas été possible de travailler par spécialité. Le fichier du CNOM avait permis d'amorcer des études qu'il faudrait sans doute approfondir en distinguant les spécialités, ce qui est dommage car un des problèmes majeurs du système de rémunération des médecins en France est cette différenciation par spécialité.