En ce qui concerne la participation de l'assurance maladie au financement de l'EPRUS, M. Frédéric Van Roekeghem a distingué les dotations inscrites en loi de financement de la sécurité sociale et les versements effectivement réalisés.
Sur la période 2007-2010, les dotations ouvertes par les lois de financement successives s'élèvent à 612,3 millions d'euros : 175 millions d'euros au titre de l'année 2007, 55 millions d'euros au titre de l'année 2008, 338,3 millions d'euros au titre de l'année 2009 et 44 millions d'euros au titre de l'année 2010.
Les versements effectivement réalisés sont notablement inférieurs puisqu'ils s'élèvent à 352 millions d'euros : 40 millions d'euros en 2007 et 312 millions d'euros en 2009, aucun versement n'étant intervenu en 2008.
Les dépenses liées à la grippe A(H1N1)v sont retracées au sein des comptes de l'EPRUS. Selon les données transmises lors du conseil d'administration de l'établissement le 7 mai 2010, auquel la CNAMTS a participé, les dépenses de l'EPRUS, initialement prévues à hauteur de 764 millions d'euros, ont été ramenées à 456 millions d'euros, dont 440 millions d'euros au titre de la grippe A(H1N1)v. Pour la seule grippe A (H1N1)v, l'assurance maladie a versé, à ce stade, 160 millions d'euros.
a indiqué avoir demandé à ses ministres de tutelle, le 29 janvier 2010, des instructions claires quant aux conséquences à tirer, pour l'assurance maladie, de la résiliation d'un partie des commandes de vaccins, à hauteur de 50 millions de doses.
Il a ainsi proposé de suspendre les versements effectués à l'EPRUS dans l'attente d'un réexamen précis des besoins de trésorerie de l'établissement. Il a également interrogé les ministres de tutelle sur la possibilité de constater ou non dans les comptes de l'assurance maladie une recette résultant du non-versement de la totalité des sommes inscrites en loi de financement de la sécurité sociale pour 2010. En effet, selon les règles actuelles, toute dotation fixée par une loi de financement doit systématiquement être inscrite en charges dans les comptes de l'assurance maladie, que ces sommes soient ou non effectivement versées.
Dans une lettre du 5 mars 2010 adressée à la CNAMTS, les ministres de tutelle ont indiqué que selon les règles comptables actuelles, la totalité de la dotation inscrite en loi de financement pour la sécurité sociale pour 2010 au titre des crédits versés à l'EPRUS doit obligatoirement être portée en charges dans les comptes de l'assurance maladie. Mais ils se sont engagés, une fois les coûts liés à la gestion de la grippe A(H1N1)v et les modalités d'indemnisation des laboratoires connus, à reverser à l'assurance maladie la fraction des dotations non utilisées dans la loi de financement pour 2011. Les ministres de tutelle précisaient, dans ce courrier, que cette somme sera supérieure à 100 millions d'euros.