Par ailleurs, le Haut Conseil doit disposer du pouvoir d'autosaisine.
Dans un souci de transparence et de respect du droit d'information des citoyens, les conclusions de ses travaux doivent être rendues publiques.
La communauté scientifique devrait être représentée à tous les niveaux de décision, d'où notre proposition de création d'un conseil scientifique de l'Agence nationale de la recherche, dont les membres seraient issus de l'ensemble des disciplines.
Un tel conseil permettrait de légitimer l'existence même de cette agence, aujourd'hui perçue comme le pilier de la refonte de la recherche publique.
Il s'agit en outre de revoir le rôle accru de l'Agence dans la programmation scientifique. Si les agences sont en mesure de soutenir les projets liés à l'innovation, les organismes sont bien mieux adaptés pour la recherche, parce qu'ils offrent aux laboratoires la possibilité d'inscrire leurs travaux dans des perspectives à plus long terme, grâce aux contrats quadriennaux.
On notera à ce sujet qu'en 2005 les appels à projets de l'ANR n'ont que peu concerné les travaux de recherche fondamentale.