Le gestionnaire d'infrastructure doit lui aussi pouvoir saisir la CRAF, ou l’ARAF, dans deux cas de figure notamment : d'une part, lorsque deux gestionnaires d'infrastructures sont en mésentente, dans le cadre de partenariats public-privé ; d'autre part, quand il souhaite mettre en cause les décisions de l'EPSF le concernant.