Sans s'attaquer directement aux garanties offertes par le code du travail, ce contrat met les salariés en situation de ne pas pouvoir les faire valoir.
Ainsi, le code du travail oblige l'employeur à payer les heures supplémentaires. Mais quel salarié osera les réclamer au cours des deux premières années de son CNE ? Cette même logique prévaut pour ce qui concerne le contrat première embauche.
Le CPE, comme le CNE, méconnaît certains droits élémentaires du travailleur, allant même jusqu'à les mépriser. Une période d'essai étendue change en effet considérablement la nature de la relation salariale, en limitant, par exemple, toute capacité d'expression du salarié, rendant impraticable le droit de grève et très difficile l'exercice du droit syndical.
Le CNE et le CPE contribuent également à renverser la norme centrale du travail salarié en France, le CDI, au profit d'autres formes de contrats, qui étaient devenues l'exception.
En permettant un retour au contrat journalier qui dominait jusqu'au début du XXe siècle, CPE et CNE balaient deux siècles de progrès en matière du droit du travail, deux siècles qui avaient d'abord vu disparaître le contrat de louage de services, puis reculer le contrat journalier au profit de contrats plus longs jusqu'à ce que le CDI soit instauré comme norme en 1979.