La concentration des moyens est telle qu’au sein même des universités et laboratoires labellisés, les fonds sont inégalement répartis en faveur des projets qui sont dans le périmètre du projet IDEX.
Cette politique structure un système universitaire à deux vitesses, tout en favorisant le déploiement de partenariats public-privé, dont on sait qu’ils font peu de cas du service public de la recherche et de l’Université.