A l'article 6 (pouvoirs d'investigation), la commission a donné un avis défavorable à l'amendement n° 70, présenté par M. Charles Gautier et les membres du groupe socialiste, apparentés et rattachés, tendant à supprimer les restrictions appliquées au pouvoir d'investigation du Contrôleur général sur le fondement du secret de certaines catégories d'information. M. Robert Badinter a souligné que le secret médical limiterait considérablement la portée du contrôle exercé, en particulier dans les établissements psychiatriques ou lorsque seraient en cause des violences dont les détenus seraient victimes. Dès lors que le Contrôleur général était tenu au secret professionnel, M. Robert Badinter a estimé souhaitable qu'il puisse accéder au dossier médical des intéressés.
A l'article 7 (suite donnée aux inspections), la commission a débattu de l'amendement n° 24, présenté par MM. Jean-René Lecerf et Hugues Portelli, permettant au Contrôleur général d'adresser, dans les cas d'extrême gravité, des injonctions aux autorités pénitentiaires.