Cette réorganisation est le signal d'un changement d'ère. Les instituts arrivent en même temps que la comptabilité analytique et la certification des comptes. Des crédits leur sont affectés, dont une part doit aller à des actions pluridisciplinaires. Concrètement, le président-directeur général du CNRS travaille à la programmation avec les directeurs d'instituts au sein d'un conseil pluridisciplinaire. De plus, cette réorganisation doit permettre au CNRS de se rapprocher d'organismes avec lesquels il doublonne au sein d'alliances, en particulier en matière de sciences du vivant (alliance AVIESAN). Le dixième institut, informatique, a rapproché le fonctionnement du CNRS de celui de l'INRIA, et donné naissance à l'Alliance pour les sciences et technologies de l'information (ALLISTENE).
L'Agence nationale de la recherche est ainsi alimentée par des projets de recherche venus du terrain. En outre, je milite pour que les universités aient toute leur place dans chacune des alliances ainsi créées, l'AVIESAN pour les sciences de la vie et de la santé, l'ANCRE pour l'énergie, l'ALLISTENE pour les technologies de la communication. Les déclarations d'Alain Fuchs, président-directeur général du CNRS, sont pertinentes et audacieuses : le CNRS doit permettre aux universités de tirer tous les bénéfices de leur autonomie. Ainsi, à Strasbourg, dans le cadre d'une expérience pilote, il joue le rôle d'une agence de prestation de services pour les unités mixtes de recherche. Il y a eu, à Paris V, à Aix-Marseille II, à Nancy, des transferts, que nous souhaitons voir amplifiés.
Les alliances sont une source d'efficacité. Ainsi, l'AVIESAN a permis de prendre beaucoup d'avance en matière de recherche sur le virus H1N1. Et grâce à l'ANCRE, nous aurons bientôt une cartographie de la recherche sur l'énergie en France. De manière générale, le Gouvernement a demandé aux alliances de « prioriser » les projets relevant de leur domaine de compétence, en attribuant des labels.