S'agissant des dossiers litigieux impliquant l'action des collectivités territoriales, elle a notamment mentionné les dossiers concernant l'application de la directive relative au traitement des eaux résiduaires urbaines ou la décharge de Saint-Laurent du Maroni. Après que M. Philippe Adnot eut fait remarquer que les agences de l'eau se montraient réticentes à subventionner certains projets d'assainissement, Mme Fabienne Keller, rapporteur spécial, a observé que les données transmises par le ministère de l'écologie et du développement durable ne correspondaient pas toujours à la perception qu'en avaient les élus locaux.
Elle a ensuite estimé que le modèle actuel des directives, s'il avait permis par le passé des avancées dans le domaine de l'environnement, avait peut-être atteint ses limites et qu'il conviendrait de prêter, à l'avenir, une attention plus importante au coût et à l'efficacité des mesures proposées. Elle s'est également interrogée sur l'opportunité d'instaurer une écotaxe, sur le modèle de la « TVA sociale ». Elle a annoncé, enfin, qu'elle suivrait avec attention l'état des contentieux dans le cadre de l'examen du prochain projet de loi de finances.