Alors que les schémas ne devraient concerner que les périmètres, un certain nombre de schémas contiennent des éléments relatifs aux compétences des syndicats. On constate par exemple qu'il est, à tel endroit, prévu de ramener la compétence eau et assainissement d'un syndicat à la seule compétence eau et de transférer le volet assainissement à la communauté.
Par ailleurs, la réduction du nombre de syndicats risque d'entraîner une reprise par les communes de certaines compétences sans qu'elles soient transférées aux communautés. La question est particulièrement sensible concernant le scolaire, avec en outre les conséquences qu'aura, à partir de 2013, la non-éligibilité des syndicats à la DETR.