L'article 45 crée la trame verte et bleue sur la base d'un document de portée nationale - les « orientations nationales pour la préservation et la remise en bon état des continuités écologique » - et d'un document de portée régionale - le « schéma régional de cohérence écologiques ».
Les amendements CD 36 et CD 268 visent à coordonner les relations juridiques entre ces deux documents, en s'appuyant sur la notion juridique de « prise en compte » plutôt que sur celle de « respect » prévue par le projet de loi initial. Ils précisent par ailleurs leur opposabilité aux infrastructures de transport de l'Etat.