Cependant, relayant les propos de M. Jean-Claude Frécon, elle a relevé les différentes lacunes mises en lumière lors du traitement de la sécheresse de 2003. S'agissant tout d'abord de la définition de la catastrophe naturelle, la notion « d'intensité anormale » a été qualifiée par le rapport de l'inspection générale des finances de 2005 « d'exception française qui place les agents économiques dans une situation d'incertitude ». La reconnaissance de l'état de catastrophe naturelle relève, selon le rapport, « d'une procédure fragile d'un point de vue juridique comme scientifique ».
La solidité financière du régime est également remise en cause par le rapport précité qui souligne la possibilité d'une augmentation de la sinistralité. Or, le fonctionnement du régime actuel est indifférent à la probabilité ainsi qu'à la prévention du risque. En effet, s'agissant des assurés, les primes ne dépendent ni du risque ni de l'effort de prévention consenti. S'agissant des assureurs, la réassurance illimitée (en excédent de perte annuelle) accordée par la CCR ne les incite pas à provisionner davantage.