Il a été ensuite condamné pour viol par la Cour d'assises des mineurs et il passera ensuite la quasi-totalité de sa vie en prison, à l'exception de quelques mois, il y a cinq ou six ans pendant lesquels il aura un enfant. Une audience relative à la garde de cet enfant fut la cause de sa dernière condamnation - à six mois de prison et un an de sursis avec mise à l'épreuve (SME) - pour outrage à magistrat. Il sort de prison le 24 février 2010 mais la mise à l'épreuve n'est pas appliquée. Pourtant, dès septembre 2009, le juge d'application des peines avait inscrit à la main sur la copie du jugement : « Urgent, avertir le service probationnaire pour le SME ». Le dossier sera transmis en novembre 2009 - c'est-à-dire plusieurs mois avant la libération de Meilhon - au SPIP de Loire-Atlantique ; il contient le casier judiciaire B1qui retrace toute la vie pénale de Tony Meilhon et où, dès la deuxième ligne, on pouvait voir qu'il avait été condamné pour viol. Le magistrat avait donc fait son travail, en utilisant le programme APPI, logiciel qui permet de partager les informations entre services pénitentiaire, d'application des peines et probationnaire. Mais ce qu'on inscrira dans ce programme sera inexact. Le SPIP en fera un dossier « virtuel », c'est-à-dire qu'il restera sans affectation.