Constatant que 73 % des crédits allaient à des pôles de compétitivité de dimension internationale, M. Daniel Raoul a regretté l'effet d'aubaine des pôles pour les grands groupes, qui captent les fonds publics tandis que les innovations technologiques sont réalisées par les sous-traitants. Il a estimé que le dispositif du crédit impôt recherche entrait en concurrence avec celui du FUI, entraînant une certaine confusion. Enfin, il a plaidé pour une gouvernance associant davantage les collectivités territoriales, plus à même de faire le lien entre tous les participants à un pôle que les grandes entreprises, soupçonnées, lorsqu'elles sont chargées du pilotage des pôles, de vouloir y faire prévaloir leurs seuls intérêts.