En réponse, M. Jean-Pierre Denis a affirmé qu'il partageait les principaux constats de l'enquête, soulignant l'incompatibilité entre la comptabilité de l'époque de l'ANVAR, qu'il a qualifiée de « comptabilité de caisse », et les cycles des aides octroyées par cet établissement, s'agissant en particulier des avances remboursables, qui s'étendent sur plusieurs années. De plus, il a regretté les insuffisances du système d'information de l'époque de l'agence, les liant toutefois en partie à la modicité des crédits d'investissements versés alors par l'Etat à l'ANVAR. En outre, après avoir souligné que le transfert des aides du ministère de l'industrie à l'agence avait « ajouté à la confusion », il a regretté l'absence de contrôle interne au sein de l'EPIC.
Il a souligné que l'ensemble de ces défaillances avait abouti à des « désalignements comptables » pour plus de 9.000 dossiers, sur un total d'environ 25.000 dossiers gérés par l'ANVAR, ces écritures n'ayant pu être entièrement corrigées qu'en début d'année 2006. Il a, en outre, relevé que, dans le référentiel de l'EPIC, la fonction comptable était déconnectée par rapport aux équipes d'exploitation, notant, de plus, que la succession de trois agents comptables publics en quelques mois avait été préjudiciable au bon fonctionnement de l'ANVAR.
a ensuite déclaré que, malgré un important travail de remise à niveau entrepris dès la fin de 2004, la lourdeur de cet historique avait conduit le certificateur des comptes de la SA OSEO-ANVAR à émettre deux réserves sur les comptes 2005, arrêtés le 21 juillet 2006, l'une portant sur le bilan initial de la SA et l'autre sur l'absence de contrôle interne, la mise en place d'un tel contrôle nécessitant un certain délai.
Puis il a expliqué que son équipe avait repensé l'architecture comptable de la SA ayant succédé à l'ANVAR afin de « rendre ses comptes significatifs », ajoutant qu'OSEO Innovation était ainsi désormais dotée d'un contrôleur permanent. Il a également précisé que deux réformes étaient en cours, l'une concernant la gestion du réseau d'agences locales d'OSEO Innovation, au sein desquelles les fonctions commerciales et d'expertise devaient être séparées des fonctions de gestion, l'autre concernant le système d'information. Il a indiqué que la clôture des comptes 2006 de sa société se déroulait dans des conditions normales et dans le respect des délais légaux, se disant confiant quant à leur certification.
a ensuite énoncé quatre réflexions qu'il tirait de ce travail de redressement :
- le changement de statut de l'ANVAR et son passage à la comptabilité privée ont constitué des outils précieux ;
- le conseil d'administration, informé en octobre 2004 des difficultés comptables de l'agence, ne s'est pas distancié de la nouvelle direction et l'a soutenue dans son effort ;
- la tâche principale de l'EPIC ANVAR et de la SA qui lui a succédé, à savoir le soutien à l'innovation dans les PME, s'est poursuivi et même développé en parallèle du travail de redressement comptable. A cet égard, il a indiqué qu'après une croissance de 20 % en 2006, OSEO Innovation s'attendait à une croissance de son chiffre d'affaires d'environ 30 % en 2007, alors même que ses effectifs devraient afficher une baisse de 6 à 7 % sur cette même période ;
- la régularisation des comptes de l'EPIC ANVAR, qu'il a qualifié « d'impossible, même avec de gros moyens », ne pouvait être considérée comme prioritaire par rapport à l'établissement des comptes de la SA OSEO-ANVAR, même si ces problèmes « historiques » ont retardé l'adoption des comptes de sa maison mère, l'EPIC OSEO, qui est un établissement financier.
Puis M. Jean-Pierre Denis a détaillé les missions d'OSEO Innovation, et plus largement d'OSEO, expliquant que ce dernier, issu de la fusion de l'ANVAR d'une part, et de la banque de développement des petites et moyennes entreprises (BDPME) et de sa filiale Sofaris d'autre part, était à présent un établissement intégré, les réseaux ayant fusionné en octobre 2006. Il a ajouté qu'OSEO, doté d'une direction générale unique, constituait un « interlocuteur global » pour les PME.
Il a également insisté sur sa volonté de simplifier l'offre d'OSEO Innovation en direction des PME, ainsi que sur le développement des aides à fort effet de levier, soulignant la mise en place de nouvelles solutions de financement, nés des complémentarités de l'ex-BDPME et de l'ex-ANVAR. De plus, il a expliqué qu'OSEO Innovation cherchait à augmenter le niveau des aides qu'elle distribue pour le compte des régions, y voyant un facteur important de mutualisation des moyens destinés à encourager les PME.
a ensuite abordé la question de l'évaluation, annonçant qu'il avait mis en place une direction du développement et de l'évaluation au sein d'OSEO, et qu'un programme d'évaluation, lancé en 2006, devrait produire ses effets dans le courant de l'année 2007.
En guise de conclusion, il a souligné que la création d'OSEO avait fait évoluer sensiblement l'intervention de l'Etat en faveur de l'innovation, cette notion ne devant pas, selon lui, se limiter à la seule innovation technologique, mais englober l'ensemble des démarches innovantes. Il a également mis en avant l'importance des progrès pouvant être réalisés en termes de qualité de gestion en passant d'une comptabilité publique à une comptabilité privée.
Un large débat s'est ensuite instauré.