Le préfet dispose d'une large faculté d'appréciation, car les instructions et circulaires ministérielles sont si nombreuses que tout devient prioritaire. Pour ce qui est du contrôle de légalité, il ne reçoit que des instructions générales. Depuis quelque temps, on voit se dessiner une stratégie cohérente : elle consiste à abandonner le contrôle tatillon de naguère, qui fait grimper les statistiques mais ne sert guère l'intérêt général, et à se concentrer sur quelques domaines prioritaires, comme les délégations de service public ou certaines questions pointues d'urbanisme, en se donnant les moyens d'exercer un contrôle rigoureux.
Quant à la RGPP, elle peut avoir des effets très bénéfiques, à condition que la répartition des baisses d'effectifs entre les administrations centrales et territoriales soit équitable.