S'agissant des lacunes de gouvernance relevées par le référé, Mme Marie-Thérèse Cornette a indiqué que, contrairement à l'Unédic, qui avait modernisé ses méthodes de gestion, l'ANPE ne disposait toujours pas de comptabilité analytique, et que son conseil d'administration était tenu à l'écart de décisions d'ordre stratégique, s'agissant notamment du projet informatique Géode, d'un montant de 135 millions d'euros, qui n'a pas abouti. Elle s'est inquiétée du risque de désorganisation du futur service public de l'emploi si les mêmes carences devaient se reproduire. A ce titre, elle a mis en lumière la nécessité de se fixer pour objectifs l'amélioration de l'efficacité et la réduction des coûts, en indiquant que la mesure de la performance devait faire l'objet d'un alignement par le haut en prenant exemple sur les meilleures pratiques de chacune des structures. Ainsi, elle a souhaité que le nouveau statut des personnels retienne pour modèle les clauses les plus favorables mais, qu'en contrepartie, une mesure de la performance du service soit instaurée.
a souligné le rôle fondamental que devait jouer l'autorité de tutelle dans la fixation d'une feuille de route et d'un calendrier précis, avec une quantification des résultats, pour la mise en oeuvre opérationnelle de la fusion.