En réponse, M. Alain Bugat a indiqué que le nucléaire fait l'objet de trois types de critiques :
- la sûreté des centrales nucléaires ne serait pas suffisamment garantie, ce constat étant corroboré par le fait que les Etats-unis déclarent une vingtaine d'incidents par an et la France, plus de six cents. Or, ce décalage s'explique par le niveau d'extrême exigence des autorités de sûreté européennes - voire parfois un peu excessif, comme en témoignent les normes de résistance aux séismes imposées aux installations nucléaires, y compris dans des régions françaises sans aucune activité sismique - et l'harmonisation européenne des procédures de sûreté et de déclaration d'incident :
- la filière nucléaire est productrice de déchets nucléaires. Face à cette critique, il est nécessaire de réaffirmer que ce problème est pleinement pris en compte par la loi de 1991, qui avait identifié trois axes de recherche pour traiter le problème des déchets nucléaires. A l'issue du rendez-vous de quinze ans fixé par cette loi, un large débat a eu lieu au cours de l'année 2006 et une nouvelle loi a été votée. Ces débats se sont néanmoins focalisés sur la solution du stockage en couche géologique profonde. Or, l'axe de recherche relatif à la transmutation des éléments radioactifs est également prometteur puisqu'il est désormais possible d'identifier et de brûler tous les produits radioactifs résultant d'une réaction de fission, même s'il reste à démontrer la faisabilité industrielle des procédés de destruction des actinides mineurs. Enfin, s'il est vrai que la transmutation de ces matières radioactives n'a pas vocation à être appliquée sur les déchets existants mais uniquement sur les déchets à venir et qu'il restera toujours, à l'issue du cycle nucléaire, des déchets ultimes, la durée de leur radioactivité diminuera de manière considérable grâce à ces nouveaux procédés de transmutation, et passera de 300.000 à 300 ans seulement ;
- enfin, le nucléaire ferait l'objet d'aides publiques « déguisées », comme le démontrerait le fait que les coûts liés au démantèlement des centrales et à l'assainissement des sites ne seraient pas pris en compte dans le coût de l'électricité d'origine nucléaire. Une telle affirmation est fausse, ces coûts sont pleinement pris en compte en application de méthodes comptables agréées. S'agissant des aides à la recherche, celles-ci s'élèvent à 360 millions d'euros par an en France. Enfin, outre que le coût pour les finances publiques de l'Institut de radioprotection et de sûreté nucléaire (IRSN) est limité, il est vraisemblablement couvert par le montant de la taxe sur les installations nucléaires de base (INB) acquittée par les exploitants.
Par ailleurs, M. Alain Bugat a rappelé que les émissions de GES des centrales nucléaires sont basses, inférieures même à celles des ouvrages hydroélectriques.