Par ailleurs, M. Jean-Bernard Auby a jugé que la création d'une agence indépendante, soustraite à l'influence des autres services de l'État et des acteurs locaux et jouant le rôle d'un « ministère public » dans le cadre du contrôle de légalité poserait d'importants problèmes pratiques, notamment pour la détermination de sa politique de contrôle. Il a d'ailleurs souligné que la mise en place d'une politique de déféré systématique irait à l'encontre de la jurisprudence actuelle -qui considère que la responsabilité de l'État pour les carences commises à l'occasion du contrôle de légalité ne peut être engagée qu'à condition que celles-ci soient constitutives d'une faute lourde-, mais qu'il était souhaitable que les préfectures défèrent tous les actes pour lesquels elles suspectent une irrégularité traduisant une mauvaise prise en compte des risques naturels.