A l'article 28 (Article L. 1331-16 du code de la santé publique) (Modalités d'intervention des services départementaux d'assistance technique aux exploitants des stations d'épuration [SATESE]), la commission a voté, après les interventions de Mme Evelyne Didier, MM. Claude Biwer et Paul Raoult, un amendement proposant de reconnaître aux SATESE des possibilités d'intervention en matière de protection des points de captage et d'assainissement, ainsi que pour la restauration et l'entretien des milieux aquatiques.
A l'article 28 bis (Article L. 3232-3 [nouveau] et articles L. 3333-11 et L. 3333-12 [nouveaux] du code général des collectivités territoriales) (Fonds départemental pour l'alimentation en eau et l'assainissement), la commission a adopté un amendement rétablissant la possibilité pour les départements de créer un fonds départemental pour l'alimentation en eau et l'assainissement.
A l'article 30 (Article L. 212-3 du code de l'environnement) (Définition du schéma d'aménagement et de gestion des eaux [SAGE]), la commission a voté un amendement rétablissant la consultation des établissements publics territoriaux de bassin sur la délimitation du périmètre d'un SAGE, lorsque le préfet en prend l'initiative.
A l'article 31 (Article L. 212-4 du code de l'environnement) (Composition et fonctionnement de la commission locale de l'eau [CLE]), la commission a voté deux amendements tendant respectivement à maintenir la représentation des associations syndicales autorisées au sein du collège des usagers et à supprimer la mention expresse des fédérations départementales des associations de pêche et de protection du milieu aquatique, au titre des organisations professionnelles présentées au sein des CLE.
A l'article 34 (Article L. 212-7 et articles L. 212-8 à L. 212-11 [nouveaux] du code de l'environnement) (Modification, révision et mise en conformité du SAGE), la commission a précisé qu'un SAGE arrêté par une commission locale de l'eau pourra être approuvé, dans les deux ans suivant l'adoption de la loi, selon les dispositions antérieurement en vigueur.
A l'article 34 bis (nouveau) (Article L. 4424-36 du code général des collectivités territoriales) (Dispositions particulières au SDAGE et au SAGE en Corse), la commission a adopté trois amendements rédactionnels ou de précision.
Après l'article 34 bis, la commission a voté un amendement tendant à insérer un article additionnel à des fins de coordination juridique.
A l'article 36 (Orientations prioritaires des programmes pluriannuels des agences de l'eau), la commission a adopté, outre deux amendements rédactionnels, un amendement de simplification des dispositions concernant la préservation et la restauration des milieux aquatiques et des zones humides, ainsi que, après les interventions de Mme Evelyne Didier et M. Paul Raoult, un amendement visant à rétablir le plafond de 12 milliards d'euros pour les financements des agences de l'eau pour 2007-2012.
A l'article 37 (Articles L. 213-10 et L. 213-10-1, L. 213-10-2, L. 213-10-3, L. 213-10-4, L. 213-10-5, L. 213-10-6, L. 213-10-7, L. 213-10-8, L. 213-10-9, L. 213-10-10, L. 213-10-11, L. 213-10-12 nouveaux du code de l'environnement) (Redevances des agences de l'eau), la commission a voté, outre quatre amendements rédactionnels et deux amendements de coordination, onze amendements visant respectivement à :
- affirmer la « spécificité environnementale » des redevances pour pollution de l'eau et pour modernisation des réseaux de collecte ;
- autoriser les agences, à titre expérimental, à établir et percevoir une nouvelle redevance si cela se justifie au titre du principe de prévention ou de réparation des dommages à l'environnement ;
- permettre d'affiner le dispositif proposé par l'Assemblée nationale pour le calcul de la redevance pollution sur les élevages en privilégiant un système forfaitaire permettant d'alléger les coûts administratifs liés à la déclaration et au contrôle de ces déclarations par les agences ;
- instituer une franchise de perception de la redevance pour les 40 premières UGB détenues et sanctionner les élevages ne respectant pas les règlementations relatives à la protection de l'eau ;
- préciser que la redevance pour pollution de l'eau est perçue par l'exploitant du service public de distribution d'eau afin de maintenir la possibilité pour ce dernier d'être rémunéré pour ce service ;
- permettre de calculer la redevance de collecte pour modernisation du réseau de collecte sur la base du volume d'eaux usées rejetées au réseau ;
- préciser que, lorsque la ressource est abondante et qu'un nombre limité d'usagers est raccordé au réseau, le préfet peut autoriser une tarification au forfait ;
- préciser que la redevance pour modernisation des réseaux de collecte est perçue par l'exploitant du service public de distribution d'eau, celui-ci pouvant être rémunéré pour ce service ;
- préciser que la redevance pour pollutions diffuses concerne les substances chimiques organiques ;
- introduire un tarif spécifique pour le calcul de la redevance pour prélèvement sur la ressource en eau, s'agissant de l'eau utilisée pour le refroidissement industriel conduisant à une restitution supérieure à 99 % ;
- elle a également, après les interventions de Mme Evelyne Didier et M. Jean-Paul Emorine, président, abaissé le seuil de perception de la redevance pollution sur les élevages à 90 unités gros bétail (UGB) et supprimer la distinction faite pour les zones de montagne car celles-ci sont déjà prises en compte à travers le seuil de 1,4 UGB de chargement à l'hectare.
A l'article 39 (Articles L. 213-13-1 [nouveau], L. 231-14 et L. 213-20 du code de l'environnement) (Comités de bassin et offices de l'eau des départements d'outre-mer), la commission a adopté un amendement de coordination.
A l'article 43 (Article L. 434-5 du code de l'environnement) (Dispositions relatives à la fédération nationale de la pêche et de la protection des milieux aquatiques), la commission a adopté un amendement proposant d'exonérer la fédération nationale de la pêche et de la protection du milieu aquatique du paiement de divers droits, impôts ou taxes lors de la reprise des droits, biens et obligations de l'Union nationale de la pêche en France.
A l'article 47 (Mise en cohérence d'articles codifiés), la commission a adopté deux amendements visant respectivement :
- à supprimer les 5°, 6° et 7° du I afin de regrouper dans le seul 4° toutes les modifications induites par la nouvelle dénomination des associations et fédérations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique ;
- à insérer dans le I un alinéa additionnel tirant les conséquences pour Mayotte, dans l'article L. 654-5 du code de l'environnement, des dispositions de l'article 4 du projet de loi réformant la liste des cours d'eau où doit être assurée la libre circulation des poissons migrateurs et n'imposant plus, à ce titre, d'arrêté ministériel.
A l'article 48 (Dispositif de « lissage » des redevances), la commission a voté un amendement de cohérence.
A l'article 49 (Abrogation de certains articles codifiés et dispositions législatives), la commission a adopté trois amendements de cohérence et de coordination.
A l'article 50 (Article L. 256-1 et L. 256-2 du code rural) (Entrée en vigueur différée de divers articles), la commission a voté un amendement visant à modifier la date d'entrée en vigueur des dispositions d'adaptation résultant de la substitution de l'ONEM au CSP, à fixer au 1er janvier 2008 la date d'entrée en vigueur de la réforme des redevances et à permettre aux comités de bassin et agences de l'eau de prendre les décisions nécessaires jusqu'à désignation de leurs membres selon les modalités prévues par le projet de loi.