S'agissant de l'architecture et du contenu de la mission, M. Christian Babusiaux a indiqué que celle-ci ne répondait pas aux prescriptions de la LOLF, selon lesquelles une mission budgétaire devait comprendre un ensemble de programmes concourant à une politique publique définie. Il a souligné la disproportion entre les dispositifs retracés, notamment le poids important des remboursements de crédits de taxe sur la valeur ajoutée (TVA). Il a ensuite distingué deux types de dépenses, d'une part, les dépenses dites « techniques », liées aux modalités de recouvrement de certains impôts, et, d'autre part, les dépenses retraçant des dispositifs fiscaux mis en place pour servir une politique publique déterminée.
Après avoir rappelé que tout changement de périmètre de la mission devait être étudié avec précaution, M. Christian Babusiaux a présenté trois pistes d'amélioration possibles : le rattachement de certains dispositifs de taille suffisante aux missions dédiées à des politiques publiques spécifiques, l'intégration du programme 201, relatif aux impôts locaux, à la mission « Relations avec les collectivités territoriales », la création d'un programme dédié aux remboursements de TVA.
a ensuite souligné le caractère « rudimentaire » du dispositif de performance de la mission, soulignant que l'objectif unique et identique associé à chaque programme ne portait que sur la rapidité des remboursements et ne couvrait pas l'ensemble des dépenses retracées dans la mission. Exposant plusieurs voies d'amélioration possibles, il a insisté sur la nécessité de compléter l'objectif actuel de rapidité des remboursements par un objectif centré sur la fiabilité et la régularité des opérations, de tendre à la mesure de l'efficience des programmes grâce à la mise en place d'outils de comptabilité analytique adéquats et d'évaluer l'efficacité socio-économique des dégrèvements et remboursements relevant de politiques publiques spécifiques.
a conclu sa présentation sur la nécessité d'un examen attentif et approfondi des suggestions exposées par M. Eric Woerth, ministre du budget, des comptes publics et de la fonction publique.