a précisé que la CNAMTS n'était pas responsable de l'élaboration de la politique vaccinale retenue contre le virus A (H1N1)v. Elle n'a été associée à la définition des modalités de vaccination que le 9 juin 2009, après que les grandes orientations en la matière aient été décidées au niveau ministériel. La première réunion avec les autorités sanitaires a eu pour objet d'informer la CNAMTS de l'ampleur de la vaccination contre le virus A (H1N1)v et de lui demander d'accélérer celle contre la grippe saisonnière. Le directeur général de la santé a confirmé par écrit cette demande. En conséquence, une réunion interne à la CNAMTS a été organisée le 15 juin pour déterminer les modalités d'organisation de la vaccination de masse. La CNAMTS a ainsi pu confirmer la possibilité de segmenter et d'exploiter ses bases de données pour les convocations. Elle a proposé de se charger de l'envoi et de l'exploitation des coupons de convocation, le Gouvernement attachant une importance particulière à la traçabilité de la vaccination à un moment où une deuxième injection paraissait nécessaire et devait être assurée avec un vaccin de même marque, voire appartenant au même lot que celui utilisé pour la première injection.
Le mois de juin a donc principalement été consacré à la définition organisationnelle de l'opération. Les listes de personnes à convoquer ont été extraites des bases en juillet. Pour les exploiter, une autorisation de dérogation au code des marchés publics a été obtenue le 31 juillet, du cabinet de la ministre, sur le fondement de l'article 35 de ce code relatif aux cas d'urgence impérieuse. Plutôt que de se contenter d'un simple marché sous forme de bon, la CNAMTS a néanmoins préféré passer un marché en bonne et due forme qui comportait deux tranches. La première tranche concernait l'acquisition des moyens d'exploitation pour 14 millions d'euros, dont 6 millions d'achat de machines récupérées par la CNAMTS. La deuxième tranche comportait une rémunération pour l'exploitation des coupons, dégressive par tranches de vingt millions de coupons. Le choix de prévoir des tranches était lié à l'incertitude quant à la réaction de la population par rapport à la vaccination, la CNAMTS ayant une expérience dans ce domaine du fait de la vaccination saisonnière.